问题描述
我无法在R 3.0中调用rJava程序包。我收到以下消息
Error: package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it
尝试re-install rJava包时出现错误。我提供了R CMD javareconf的输出
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version : 1.7.0_21
Java home path : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre
Java compiler : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/jar
trying to compile and link a JNI progam
detected JNI cpp flags :
detected JNI linker flags :
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -O2 -pipe -g -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program
Java library path:
JNI cpp flags :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.
我正在使用Ubuntu 13.04。我还尝试了apt-get install r-cran-rjava，这无助于解决问题。关于jni.h，有一些解决方案here.但是，不确定在此如何使用该解决方案。
最佳方法
我遇到了完全相同的问题。我的解决方案是通过以下方式安装openjdk-7- *
sudo apt-get install openjdk-7-*
跟着
sudo R CMD javareconf
然后我就可以通过install.packages("rJava")在R中安装rJava。
尽管可能不是最优雅的解决方案，但它似乎已经解决了使rJava正常工作的问题。
次佳方法
对于那些得到错误的人：
error: unable to load shared object '/some/dir/rJava/libs/rJava.so': libjvm.so:
cannot open shared object file: No such file or directory
我解决了在系统中定位库并将它们链接到/usr/lib的错误：
$sudo updatedb
$locate libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
$sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/