问题描述
当我尝试在Eclipse中运行R控制台时，出现此错误：
....Please make sure that R package 'rj' (1.1 or compatible) is installed...
所以我试着在R控制台中安装它，如下所示：
install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.1")
并得到此错误：
** testing if installed package can be loaded
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rj.gd', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rj.gd/libs/rj.gd.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
我发现在使用以下命令安装rJava时：install.packages("rJava")会收到类似的错误：
** testing if installed package can be loaded
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/home/alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
当我运行sudo R CMD javareconf时，我得到了这个输出：
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version : 1.7.0
Java home path : /usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre
Java compiler : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
NOTE: Your JVM has a bogus java.library.path system property!
Trying a heuristic via sun.boot.library.path to find jvm library...
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64:$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64 -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
Updating Java configuration in /etc/R
Done.
顺便说一句，我的配置是：
Ubuntu 11.10 64bit
Eclipse 3.7
Oracle-1.7-jdk
R version 2.15.1
最佳解决思路
对于Linux(Ubuntu)用户：如果安装了oracle-java (7/8)。它将在此位置/usr/lib/jvm和sudo访问是必需的。
使用以下条目创建文件/etc/ld.so.conf.d/java.conf：
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server
(取决于你的java版本，用java-7-oracle替换java-8-oracle)
然后：
sudo ldconfig
重新启动RStudio，然后安装rJava包。
要么
另一种方法是使用从命令R CMD javareconf -e获得的Java库路径的值导出LD_LIBRARY_PATH并运行install.packages
次佳解决思路
我有类似的问题，并能够通过运行来解决它
R CMD javareconf -e
输出R CMD javareconf -e
Java interpreter : /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/bin/java
Java version : 1.6.0_27
Java home path : /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27
Java compiler : /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/bin/javac
Java headers gen.: /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/bin/javah
Java archive tool: /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/bin/jar
Java library path: /export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64/server:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/../lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib64:/lib64:/lib:/usr/lib
JNI linker flags : -L/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64/server -L/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64 -L/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/../lib/amd64 -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm
JNI cpp flags : -I/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/include -I/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/include/linux
The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
Running: /bin/bash
将LD_LIBRARY_PATH设置为与JAVA_LD_LIBRARY_PATH相同的值，如上面的输出所示。我能够安装rj。
export LD_LIBRARY_PATH=/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64/server:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/lib/amd64:/export/apps/jdk/JDK-1_6_0_27/jre/../lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib64:/lib64:/lib:/usr/lib
运行R然后安装rj
install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.1")
第三种解决思路
我找到了解决方案：
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-7-oracle/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre/lib/amd64/server
然后
sudo R CMD javareconf
注意：需要根据Java安装更新路径(java-7-oracle)。
第四种思路
我做了以下工作，它对我有用：
export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_LD_LIBRARY_PATH
sudo R CMD javareconf
我不得不重新启动R。
第五种思路
多年以后，我在找到R报告的错误之后，在我未能成功安装了一个需要转移到Oracle Java的软件包之后，我最终找到了这个问题。
我所要解决的只是：
$ sudo R CMD javareconf
第六种思路
或者只是在R中设置库？
我刚刚在R中运行了这个命令：
Sys.setenv(JAVA_HOME='/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server')
(将“/usr /lib /jvm /java-7-openjdk-amd64 /jre /lib /amd64 /server”替换为可以找到运行“sudo R CMD javareconf”的Java库路径)
可能不是最优雅的解决方案 – 但它对我有用！