问题描述
在Ubuntu下安装R软件包(比如本例中的mcmcpack)时，我可以选择以下两种安装方法：
# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack
# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")
问题：
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安装R包的两种方法中的任何一种都被认为是”best practice”吗？
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假设我首先是
install.packages("mcmcpack")以及后来的apt-get install r-cran-mcmcpack– 我应该预料到麻烦吗？ -
假设我首先是
apt-get install r-cran-mcmcpack以及后来的install.packages("mcmcpack")– 我应该预料到麻烦吗？
最佳解决方法
它并不像看起来那么容易。
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apt-get update好不好用-
包存在 – 但在CRAN上只有大约150个左右的
r-cran-*包来自2100+包，所以覆盖范围很小 -
包维护，无bug和当前
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你对Ubuntu的bi-annual版本感到满意
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install.packages()和后来的update.packages()是好的，如果当-
你知道安装built-time依赖项(除了
r-base-dev)需要什么 -
你不介意手动运行
update.packages()以及apt-get更新。
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在我工作的Ubuntu机器上，我使用第二种解决方案。但是因为如果你有足够的覆盖率，第一个更好，我们已经构建了cran2deb，它为amd64和i386提供了2050多个二进制deb包 – 但仅用于Debian测试。这就是我在家里使用的。
至于你是否应该“遇到麻烦”的最后一个问题：不，因为R_LIBS_SITE在/etc/R/Renvironment中设置为
# edd Apr 2003 Allow local install in /usr/local, also add a directory for
# Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir
# edd Jul 2007 Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}
这意味着您的包进入/usr/local/lib/R/site-library，而由apt管理的包进入/usr/lib/R/site-library和(在基础包的情况下)/usr/lib/R/library。
希望澄清问题。对于像这样的问题，r-sig-debian邮件列表是一个更加知情的地方。
次佳解决方法
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我考虑使用
apt-get最佳实践，因为您将通过标准系统工具获得自动更新。 -
安装了2个版本可能会让您陷入困惑的情况：根据您的R设置，您可以加载另一个软件包版本然后您期望 – 您的私有(可能已过时)应该首先加载。
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往上看。